Ich denke, Martin hat dir die Lösung gegeben: Aliase nicht im Sync-Ordner anlegen, sonder die Originale in den Sync-Ordner legen und die Aliase am anderen Ort.
Das würde ich übrigens grundsätzlich so machen, auch mit anderen Sync- oder Backup-Systemen. Denn manche Systeme „folgen“ Aliasen (oder Symlinks), manche tun es nicht, bei manchen kannst du das gewünschte Verhalten einstellen.
– Tom
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